近年来，世界各国都出现了一些影响很大的关于肉及肉制品安全的问题。如首先发现于英国并殃及全世界的可能使人患上类似于疯牛病的克雅氏症，在美国和日本等国家发生的以牛肉汉堡为主的大肠杆菌食物中毒，欧洲比利时等国发生的严重影响养禽业和人体健康的二恶英事件，法国的李斯特杆菌污染事件，以及目前仍在世界各地流行的口蹄疫和禽流感等，这些事件的发生不但对世界畜牧业造成了重大的经济损失，甚至还严重危害了人民的生命。这些事件的发生归根结底主要是由致病性细菌、霉菌、毒素等对肉类食品造成的生物性的污染。清楚这些微生物污染源并且建立有效的预防与解决方法，今后对排除肉制品安全的隐患具有重大的意义。

肉制品中微生物的来源
市场上销售的肉类产品一般分为生肉与熟肉，即新鲜肉与熟肉制品。由于肉类本身富含营养物质，具有丰富的蛋白质，水分以及糖原。其中高含量的蛋白有利于不发酵性细菌的生长，这些细菌能利用蛋白和它的分解产物作为氮、碳和能量的来源。而其中还含有一些可发酵的碳水化合物（糖原），糖原的含量与宰杀前的机体生理状态有关，糖原充足时，发酵型的细菌一样能生长繁殖。高PH值有利于细菌生长，而低pH值则生长缓慢。因此是很多微生物培养生长的温床。

肉制品所受到的微生物污染的来源也都主要有以下几个环节：
1. 原料本身所带来的污染隐患
动物本身带有很多微生物源。在牛、猪、羊的皮上和毛中富含微生物，它们将会是肉的重要污染源。有数据表明，牛皮上含菌105~107/cm2，猪皮上含菌105~1012/cm2，在未经洗涤的羊毛中，也同样带着大量的细菌，如葡萄球菌、微球菌、假单胞菌、酵母菌和霉菌等正常菌丛，还有来自粪便和土壤的细菌。同时动物肠道中也存在的一些菌丛，这样，在动物屠宰过程中可能会不可避免的造成胴体污染，而最终导致刚屠宰完的新鲜肉也有可能被微生物污染而加速腐败。
而当动物体被宰杀后，新鲜动物肉中存在有各种酶，有机体内各种酶类的拮抗作用消失。酵解酶和分解酶就开始发挥作用，将有机体迅速分解，肌浆大量释放，此时肉的组织结构较疏松，表面积大大增加，其间有多量的肌间结缔组织，极有利于细菌的繁殖和蔓延。
2. 加工过程中的污染
在屠宰操作过程中，环境潮湿、工作者的手、臂和衣服上沾有血和碎组织，会使动物胴体又再次被污染。曾有报道，在一天工作作业完毕后，从剥皮者的衣服上刮下来的标本中可以检出30亿个菌/g 或3000万个菌/cm2。
有人经过调查超市中的冷却肉在加工环节上的污染情况时发现，新鲜肉在经过细分割后肉品的污染状况较为严重，并且随着分割度越高，微生物污染也就越严重。如市场上有很多新鲜肉采用绞碎成绞馅出售的，当肉被绞碎后，肉的暴露面增大，受细菌污染的机会越多，特别是需氧菌易于生长，因此绞碎的肉更易腐败，碎肉的细菌总数要比较为完整的肉高上10~100倍。并且在超市中用于分割的刀具和案板的微生物污染也较为严重，存在着显著的危害。
熟肉制品除了在原料以及加工环节上和新鲜肉一样有被污染的可能之外，一般在熟肉制品中还常存在以下几种对人体危害较大微生物，如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、副溶血性弧菌、蜡样芽孢杆菌、产气荚膜杆菌是可能在肉上检出的病原菌，偶尔也存在肉毒杆菌。
在这些病原菌中，沙门氏菌是引起肉食品中独得最为常见的一种病原菌，在许多国家中，由肉或肉制品中沙门氏菌引起的食物中毒爆发最多，而且异型的沙门氏菌（血清型）可以通过进口含有沙门氏菌的饲料，导致畜圈中发生交叉感染，很有可能会从一个国家传入另一个国家。致泻性大肠埃希氏菌，主要是由于熟肉制品未经彻底加热，或加工过程中造成的交叉污染造成；副溶血性弧菌，主要是熟肉类食品 烹调时未烧熟、煮透，或熟制品污染后未再彻底加热造成的。蜡样芽孢杆菌，则是由于肉类食品在食用前保存温度较高(20℃以上)和放置时间较长所造成。肉上常有少数葡萄球菌，有动物源性与人源性，主要来源是由于人操作而带来的污染。

肉制品产生腐败变质的原因
在肉的保存过程中，出现很多肉制品腐败变质的现象，这里很大原因都是由于受到微生物的污染而导致的。

在有氧条件下，最为常见的就是随着保存时间的延长以及温度的升高，肉表逐渐变粘，并产生异味。肉表开始逐渐出现水蒸气的小点，以后逐渐变大，产生奶油白色并融合形成均匀的一层，触摸时有粘感，肉中蛋白质高度水合，自由氨基酸和核苷酸大大降低。

引起发粘的菌属有假单胞菌，产硷杆菌、微球菌、链球菌等。并且温度和湿度影响群落的结构，在冷藏温度下（4~10摄氏度），高湿度有利于嗜冷的假单胞菌进行生长繁殖；低湿度则微球菌和酵母菌生长；湿度再低则霉菌生长。较高温度下，微球菌和其他嗜温菌如链球菌、肠道杆菌代替了嗜冷菌。变粘的时间与保存温度成反比，即随着保存温度逐渐升高，原始菌数越来越高，变粘时间也大大缩短了。而产生的异味也是有这些细菌在代谢过程中产生挥发性酸如甲、乙、丙、丁酸产生的。放线菌使肉成泥土气。

肉制品变色则是当氧张力低，pH或更高时，一种假单胞菌产生H2S，H2S又使肌红蛋白变为绿色的磺基肌红蛋白，由于色素细菌所致的各种颜色，如红点可能由粘质沙雷氏菌或其他产红色细菌所致；产蓝假单胞菌使肉表呈蓝色；黄色是由产黄色素的细菌如微球菌或产黄杆菌等所致；脂肪表面的着色是由黄色球菌和杆菌所引起的，当脂肪腐败时产生过氧化氢,脂肪颜色的变化黄色——绿色——紫色。酵母能产生色素，可使肉变为乳白、粉红或褐色。肉表受青霉菌和分枝孢子军侵害并穿透到结缔组织和脂肪浅层，出现变色点。分枝孢子菌尤为常见。
由于毛霉菌目、枝霉属、毛霉属和根霉属的存在，肉制品于冷藏状态下也会产生灰色到黑色的绒毛状或絮状菌丝。
预防措施
1. 完善现有的《食品卫生法》。进一步健全生产，市场流通监督管理体系，建立从土地到餐桌的食品安全卫生监管体系。强化法制教育，加大宣传力度。
要求全程监督动物的饲养，将产地检疫落实到位。 肉品的检疫还要从源头抓起，因为动物健康的生长，是确保肉品品质的前提。所以对动物饲养过程要进行全程监控，把好动物卫生检疫的源头关，避免动物在饲养中即被微生物、寄生虫以及其他一些兽药、农药及工业废物污染，为以后的市场流通，消费者食用留下隐患。
在屠宰中，要严格执行定点屠宰。要严把三道屠宰检疫关，即做好宰前检疫，宰中检疫和宰后检疫，做到发现病害以及被污染动物按照无害化处理章程及时进行处理。还要对屠宰点实行市场准入许可制度。从行政管理制度上保证肉品卫生安全。
对于加工肉制品的企业，同样也要做好严把企业质量管理关。并努力与国际接轨，采用HACCP、GMP等先进、规范的管理系统。
2．优化生产工艺，尽可能的杜绝污染源
屠宰工艺中，要注意杜绝加工步骤中细菌的污染源。在剥皮之前，必须对畜禽进行宰前检验，并用大量清水以及一些药水如一定浓度的乳酸或是次氯酸冲洗动物体，以将身体所带细菌量降至最低；进行烫洗工艺时，选择好的烫洗方式将会降低细菌总数，我国许多屠宰企业已改传统的大池烫毛为蒸汽烫毛，这样也可以降低微生物在胴体上的附着能力并将部分微生物杀死，采取开膛和劈半后的清洗也是减少胴体微生物污染的又一重要步骤；快速冷却能减少细菌侵入组织的速度。生产工艺中，一般对动物胴体应采用快速二段冷却法（-20℃1.5~2h，0~4℃12~16h）。在规定时间内使动物胴体温度降到4℃以下。因为在冷藏的温度4~10℃，嗜冷菌易于生长，酵母和霉菌也能缓慢生长。一般大气温度，嗜温菌和大肠杆菌群、需氧菌和厌氧菌均能迅速繁殖。而4℃的条件下，仅部分嗜冷菌可生长，但生长也很缓慢。与此同时，保证良好的操作环境也有利于延长产品的保质期。
3．加大检验力度，提高检验技术水平
在以上各个环节中希望可以加强检验力度也是很重要的，针对肉以及肉制品的生产以及流通中的各个环节，进行跟踪式的检验。为确保肉制品的安全做好强有力的保证。此外仍需加强肉制品生物检测的理论技术研究，重视检测队伍素质的提高，不断加强检测方法和检测标准的研究。